Juanfran empezó jugando en el Levante, en el que jugo 3 temporadas y con el que consiguió el ascenso de categoría. Gracias a esos años, el Valencia se fijó en el y allí jugo dos temporadas, ganando una copa del rey, en 1999. Ese mismo año, fichó por el Celta y allí consiguió clasificarse para la Liga de Campeones de la UEFA y donde metío 6 tantos. Desgraciadamente, el mismo año en el que el Celta se clasificó para la champion, el equipo descendió a la segunda división española. Esto obligó a Juanfran a emigrar al fútbol de Turquía, más concretamente al Beşiktaş. Un año después ficho por el Ajax, de Holanda. En el verano de 2006 regresó al fútbol español, fichando por el Real Zaragoza.